Die praktische Tätigkeit der Johannes-Mathesius-Gesellschaft erstreckt sich auf folgende Bereiche:

• Herausgabe der Schriftenreihe "Erbe und Auftrag", sowie des Mitteilungsblatts "Glaube und Heimat";
• Planung und Durchführung historischer Ausstellungen und Dokumentationen;
• Bildungsangebote für Jugendliche;
• Wissenschaftliche Beratung für konkrete Studien, Dissertationen und Diplomarbeiten;
• Erschließung und Erfassung von das Leben der evangelischen Sudetendeutschen betreffenden zeitgeschichtlichen Quellen;
• Pflege ökumenischer Kontakte zu verwandten Institutionen in Deutschland und Österreich sowie Zusammenarbeit mit der Evangelischen Kommission für Mittel- und Osteuropa (EKMOE) bei der Evangelischen Kirche Deutschlands.